Setelah kembalinya para santri ke Pondok Pesantren tercinta, sebelum kembalinya para santri mereka telah melakukan isolasi selama 14 hari di rumah dan ketika kembali ke Pesantren mereka diwajibkan untuk membawa surat keterangan sehat, Pimpinan beserta kepala kesantrian memutuskan untuk mengadakan isolasi mandiri, tak ada kunjungan dari wali santri ataupun tamu lainnya, semua dilakukan demi kesepakatan bersama, dan kesehatan semua santri. Alhamdulillah semua para wali santri mengerti keadaan yang sedang terjadi, namun tak diungkiri bahwa rasa rindu orangtua terhadap anaknya, membuat mereka berkunjung ke Pesantren, oleh karena kunjungan diperketat, tersedianya hand sanitizer cair maupun jelly dan masker untuk wali santri, sebelum menemui anaknya, harus melapor kepada petugas yang menjaga di depan gerbang Pesantren, agar bisa disampaikan kepada santrinya.
Semasa isolasi mandiri ini dimulai, tak ada lagi santri yang izin keluar untuk membeli peralatan mandi ataupun lainnya, namun koperasi Pesantren menyediakan semua keperluan santri, tak hanya perizinan keluar saja, sekolah pun tidak berjalan seperti biasanya, namun Insya Allah semuanya berjalan dengan efektif, santri dapat berdisplin dan mendapat ilmu, dimasa pandemi ini, membuat semua aktifitas tak berjalan seperti biasanya, tapi kami bersyukur kami masih bisa diberikan kesempatan untuk masuk ke Pesantren.
Pada tanggal 04 Agustus 2020, yang bertepatan pada hari selasa, Pondok Pesantren Al-Hidayah Al-Mumtazah kedatangan petugas penyemprotan, yang membawa petugas atau bantuan ini, dari salah satu ALUMNI Pesantren yang bernama Muhammad Fikry, karena dia tau akan ada pemeriksaan dari RT dan RW kepada Pesantren, kepala kesantrian memerintahkan agar Pesantren dapat di sempot agar terhindar dari virus, alhamdulillah semuanya berjalan dengan lancar, dan semuanya berjalan dengan tertib.
